В кишечнике живут триллионы бактерий — микробиота. Она помогает переваривать пищу, синтезирует некоторые витамины и тесно связана с иммунной системой. Пробиотики временно пополняют полезную микробиоту и влияют на работу иммунных клеток кишечника.
Обзор Cochrane показал, что пробиотики, вероятно, снижают число острых респираторных инфекций и потребность в антибиотиках при них. Международное общество спортивного питания (ISSN) отмечает, что у спортсменов отдельные штаммы уменьшают число, тяжесть и длительность простуд.
Интенсивные тренировки и соревнования временно ослабляют иммунитет. Поэтому спортсменам пробиотики иногда советуют в период больших нагрузок и перед поездками.